畜禽育种国家重点实验室依托于广东省农业科学院畜牧研究所，于2010年由科技部立项，2013年建成通过验收。是广东省直高校和研究所农业领域唯一的国家重点实验室。
实验室以猪鸡重要经济性状遗传的应用基础、畜禽育种新技术、畜禽新品种（配套系）培育、遗传与营养互作为主要研究内容，设立遗传基础研究室、鸡育种研究室、猪育种研究室、育种新技术研究室、营养支撑技术研究室等五个专业实验室。设立了"学术委员会"和"管理委员会"两个指导、管理机构，实验室现有固定人员57人，其中博士21人，高级职称21人。实验室在畜禽资源利用、遗传育种、遗传与营养互作等方面取得了一系列重大创新，在推动行业技术进步、提高良种覆盖率、培育和壮大区域优势产业、凝聚创新队伍、提升创新能力等方面发挥着重要作用。
建设以来，实验室共承担在研项目101项，其中国家级项目33项。建有国家级家禽资源保种场2个，收集和保存地方畜禽品种10个，育成畜禽专门化品系和配套系30多个。获得国家科学技术二等奖1项、省科学技术一等奖2项、省农业技术推广一等奖1项，拥有国家级和省部级主导品种、主推技术8项。通过新品种和新技术的推广，带动农户6万户，增收超过12亿元，创造社会产值200亿元，为我国畜牧产业的发展、社会主义新农村建设做出了重大贡献。
